Model 206 jest natępcą legendarnej 205-ki, która święciła triumfy w epoce superrajdówek grupy B. Piętnaście lat po zaprezentowaniu legendarnego modelu 205 Turbo 16, Peugeot pokazał swoją nową broń na rajdowe trasy mistrzostw świata - 206 WRC. Decyzja o bodowie auta WRC zapadła w grudniu 1997 roku, a już po niespełna roku przedstawiono pierwszy prototyp. Budową kierował Michel Nandan, który pracował wcześniej w TTE, a także w Peugeot Italia. 206-ka przysporzyła mu wielu problemów, ponieważ jest raczej niewielkim samochodem (rozstaw osi najmniejszy wśród WRC) i były problemy z upchaniem wszystkiego do środka. Np. układ transmisyjny został całkowicie przekonstruowany, wprowadzono wzdłużną skrzynię biegów X-Trac, zamiast poprzecznej. Dzięki temu lepiej wykorzystano dostępne miejsce, a także poprawiono rozłożenie masy samochodu. Przy konstruowaniu silnika wykorzystano dotychczasowe doświadczenie Peugeota w Rajdzie Paryż-Dakar i w amerykańskim wyścigu górskim Pikes Peak. Nad wersję asfaltową nowej rajdówki pracowała ta sama ekipa, która dotąd budowała 306 Maxi. Według przepisów FIA samochód WRC powinien mieć co najmniej 4 metry długości. Seryjne nadwozie 206-ki było trochę za krótkie, więc Peugeot poradził sobie z tym problemem wypuszczając specjalną limitowaną serię 206 GT z przedłużonymi zderzakami. Zabieg ten pozwolił uzyskać homologację i w roku 1999 rajdowa wersja tego modelu mogła ujrzeć światło dzienne. Pierwszym rajdem nowego 206 WRC był Rajd Korsyki. Cały sezon '99 trudno zaliczyć do udanych - samochody prowadzone przez Francoisa Delecoura i Gillesa Panizziego często się psuły lub miały wypadki i kierowcy ci często nie dojeżdżali do mety. Jednak już na Rajdzie San Remo'99 Panizzi zajął drugie miejsce, pokazując że w tym samochodzie tkwią bardzo duże możliwości. Po dopracowaniu konstrukcji Peugeot włączył sie w pełny cykl Mistrzostw Świata 2000, odnotowując swoje pierwsze sukcesy. W Rajdzie Szwecji Marcus Groenholm zajął pierwsze miejsce przed dotychczasowym seryjnym zwycięzcą tego rajdu - Tommi Maekinenem.